Autónomas (79)
- ANSP - Academia Nacional de Seguridad Pública
- ANDA - Administración Nacional de Acueductos y Alcantarillados
- Instituto Diplomático "Doctor José Gustavo Guerrero" (IDG) - Antes: Instituto Especializado de Educación Superior para la Formación Diplomática
- AAC - Autoridad de Aviación Civil de El Salvador
- AMP - AUTORIDAD MARÍTIMA PORTUARIA
- ASA - Autoridad Salvadoreña del Agua
- BCR - Banco Central de Reserva de El Salvador
- BANDESAL - Banco de Desarrollo de la República de El Salvador
- BFA - Banco de Fomento Agropecuario
- CAMUDASAL - CAJA MUTUAL DEL ABOGADO DE EL SALVADOR
- CAJA MINED - Caja Mutual de los Empleados del Ministerio de Educación
- CEFAFA - Centro Farmacéutico de la Fuerza Armada
- CIFCO - Centro Internacional de Ferias y Convenciones de El Salvador.
- CNR - Centro Nacional de Registros
- CENTA - Centro Nacional de Tecnología Agropecuaria y Forestal, Enrique Álvarez Córdova
- CEL - Comisión Ejecutiva Hidroeléctrica del Río Lempa
- CEPA - Comision Ejecutiva Portuaria Autonoma
- CONAMYPE - Comisión Nacional de la Micro y Pequeña Empresa
- CVPCPA - Consejo de Vigilancia de la Profesión de Contaduría Pública y Auditoría
- CONAB - Consejo Nacional de Administración de Bienes
- CNC - Consejo Nacional de Calidad
- CONACYT - Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología
- CNE - Consejo Nacional de Energía
- CONNA - Consejo Nacional de la Niñez y de la Adolescencia
- CONAPINA - Consejo Nacional de la Primera Infancia, Niñez y Adolescencia
- CONAIPD - Consejo Nacional para la Inclusión de las Personas con Discapacidad
- CONSAA - Consejo Salvadoreño de la Agroindustria Azucarera
- CSC - Consejo Salvadoreño del Café
- CSSP - Consejo Superior de Salud Pública
- CORSAIN - Corporación Salvadoreña de Inversiones
- CORSATUR - Corporación Salvadoreña de Turismo
- DC - Defensoría del Consumidor
- DGCP - Dirección General de Centros Penales
- DGEHM - Dirección General de Energía, Hidrocarburos y Minas
- DGME - Dirección General de Migración y Extranjería
- DINAC - Dirección Nacional de Compras
- DNM - Dirección Nacional de Medicamentos
- DOM - Dirección Nacional de Obras Municipales
- ENA - Escuela Nacional de Agricultura
- FONAES - Fondo Ambiental de El Salvador
- FOVIAL - Fondo de Conservación Víal
- FISDL / FINET - Fondo de Inversión Social para el Desarrollo Local de El Salvador (Institución disuelta) / Fondo de Inversión Nacional en Electrificación y Telefonía
- FOPROLYD - Fondo de Proteccion de Lisiados y Discapacitados a Consecuencia del Conflicto Armado
- FOSAFFI - Fondo de Saneamiento y Fortalecimiento Financiero
- FANTEL - Fondo Especial de los Recursos provenientes de la Privatización de ANTEL
- FONAVIPO - Fondo Nacional de Vivienda Popular
- FONAT - Fondo para la Atención a las Víctimas de Accidentes de Tránsito
- FOSEP - Fondo Salvadoreño para Estudios de Preinversión
- FSV - Fondo Social para la Vivienda
- FOSOFAMILIA - Fondo Solidario para la Familia Microempresaria
- FOSALUD - Fondo Solidario para la Salud(Fosalud)
- IGSP - Inspectoría General de Seguridad Pública
- INABVE - Instituto Administrador de los Beneficios de los Veteranos y Excombatientes
- ICJ - Instituto Crecer Juntos
- IBA - Instituto de Bienestar Animal
- IGD - Instituto de Garantía de Depósitos
- ILP - Instituto de Legalización de la Propiedad
- INJUVE - Instituto Nacional de la Juventud
- INDES - Instituto Nacional de los Deportes de El Salvador
- INPEP - (DISUELTA) - Instituto Nacional de Pensiones de los Empleados Públicos
- ISBM - Instituto Salvadoreño de Bienestar Magisterial
- ISDEM - Instituto Salvadoreño de Desarrollo Municipal
- INSAFOCOOP - Instituto Salvadoreño de Fomento Cooperativo
- INSAFORP - Instituto Salvadoreño de Formación Profesional
- ISSS - Instituto Salvadoreño del Seguro Social
- Instituto Salvadoreño de Pensiones (ISP) - Instituto Salvadoreño de Pensiones
- ISRI - Instituto Salvadoreño de Rehabilitación Integral
- ISTA - Instituto Salvadoreño de Transformación Agraria
- ISTU - Instituto Salvadoreño de Turismo
- ISDEMU - Instituto Salvadoreño para el Desarrollo de la Mujer
- ISNA - Instituto Salvadoreño Para el Desarrollo Integral de la Niñez y la Adolescencia
- LNB - Lotería Nacional de Beneficencia
- OPA - Oficina para Adopciones
- PROESA - Organismo Promotor de Exportaciones e Inversiones de El Salvador
- IPSFA - Portal de Tranparencia del Instituto de Previsión Social de la Fuerza Armada.
- RNPN - Registro Nacional de las Personas Naturales
- SC - Superintendencia de Competencia
- SSF - Superintendencia del Sistema Financiero
- SIGET - Superintendencia General de Electricidad y Telecomunicaciones